В настоящее время в состав НКБ СМЭ входят следующие структурные подразделения:

1. Административно-хозяйственная часть с бухгалтерией и экономическим отделом.
   
2. Отдел экспертизы трупов с гистологическим отделением.
   
3. Отдел экспертизы потерпевших, обвиняемых и других лиц.
   
4. Отдел сложных экспертиз.
   
5. Судебно-химическое отделение.
   
6. Судебно-биологическое отделение.
   
7. Медико-криминалистическое отделение.
   
8. Молекулярно-генетическое отделение.
   
9. Городские судебно-медицинские отделения в г.г. Междуреченске, Осинниках и Таштаголе.
   

Новокузнецкое бюро располагается в типовом двухэтажном панельном здании  и лабораторном корпусе. 

На первом этаже типового здания размещаются секционные залы с холодильными камерами, кабинеты для приема потерпевших, обвиняемых и других лиц, регистратура отдела экспертизы трупов и экономический отдел, медико-криминалистическое отделение, траурный зал, кабинеты врачей, лаборантов, комнаты санитаров и подсобные помещения. 

На втором его этаже находятся кабинеты администрации, отдел сложных экспертиз, судебно-гистологическое и судебно-химическое отделения, кабинеты врачей, зал заседаний и подсобные помещения. 

На первом этаже лабораторного корпуса размещены: бухгалтерия, секционный зал и дополнительные холодильные камеры, автомобильный бокс и подсобные помещения, на втором – судебно-биологическое и медико-генетическое отделения.